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人类疾病数据库 Human disease database
Last Update：2021-07-16
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HMDB数据库
数据库简称Name：HMDB
数据库全称Full name：The Human Metabolome Database
中文名称Chinese Name：人类代谢组数据库
关键词Keywords：代谢物；生物标志物；代谢途径
网址URL：http://www.hmdb.ca/
简介Description：人类代谢组数据库（HMDB）是一个免费提供的电子数据库，包含有关人体中发现的小分子代谢物的详细信息。它旨在用于代谢组学，临床化学，生物标志物发现和普通教育中的应用。该数据库旨在包含或链接三种数据：1）化学数据，2）临床数据，和3）分子生物学/生物化学数据。该数据库包含114,100个代谢物条目，包括水溶性和脂溶性代谢物以及被认为是丰富（> 1uM）或相对稀少（<1nM）的代谢物。另外，5,702个蛋白质序列与这些代谢物条目相关联。每个MetaboCard条目包含130个数据字段，其中2/3的信息用于化学/临床数据，另外1/3用于酶或生化数据。许多数据字段都链接到其他数据库（KEGG，PubChem，MetaCyc，ChEBI，PDB，UniProt和GenBank）以及各种结构和途径查看小程序。HMDB数据库支持广泛的文本，序列，化学结构和关系查询搜索。另外四个数据库，DrugBank，T3DB，SMPDB和FooDB也是HMDB数据库套件的一部分。DrugBank包含~2280药物和药物代谢物的等效信息，T3DB包含~3670常见毒素和环境污染物的信息，SMPDB包含约25,000种人类代谢和疾病途径的途径图，而FooDB包含约28,000种食物成分和食品添加剂的等效信息。
发表文献 Publications：Wishart DS, Jewison T, Guo AC, et al. HMDB 3.0—The Human Metabolome Database in 2013. Nucleic Acids Research. 2013;41(Database issue):D801-D807. doi:10.1093/nar/gks1065.
Wishart DS, Knox C, Guo AC, et al. HMDB: a knowledgebase for the human metabolome. Nucleic Acids Research. 2009;37(Database issue):D603-D610. doi:10.1093/nar/gkn810.
Wishart DS, Knox C, Guo AC, et al. HMDB: a knowledgebase for the human metabolome. Nucleic Acids Research. 2009;37(Database issue):D603-D610. doi:10.1093/nar/gkn810.
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