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基因表达数据库 Gene expression database
Last Update：2022-04-22
Hits：149
IPPC数据库
数据库简称Name：IPPC
数据库全称Full name：
中文名称Chinese Name：前列腺癌多组学数据整合与分析平台
关键词Keywords：基因表达；芯片；转录组；前列腺癌
网址URL：http://ippc.bio-it.cn/
简介Description：以基因为中心，提供七个分析功能：基因功能分析（包括KEGG通路和基因本体注释）、基因突变图谱分析、表达谱分析、共表达分析、肿瘤免疫浸润分析、基于miRNA-靶相互作用的miRNA调节分析和单细胞测序数据分析。
发表文献 Publications：数据收集：
使用关键词“PCa”、“PC”和“前列腺癌”检索公共数据库，下载基因芯片、高通量测序数据，收集样本量不少于50的数据集。
质量控制，删除冗余样品；采集样本的临床信息共8项，包括：年龄、种族、肿瘤部位、Gleason评分、PSA、临床状态、病理状态和样本类型。
得到66个独立数据集，包括来自GEO的44个数据集、来自TCGA的2个数据集和cBioProtal的20个数据集。还整合了329个KEGG通路和18176个基因本体，以及380639个miRNA-靶相互作用用于基因-miRNA表达关联分析。
数据处理：
数据质控：使用 simpleaffy和affyPLM R包。
标准化，log转换：使用affy R包。
探针：含有多个探针的基因区域保留最大四分位区，舍弃其他区域。
RNA–seq数据：按照每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments（FPKM）片段或每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数（RPKM）进行标准化，然后进行log转换。
使用方法：
输入基因或基因别名，可以组合不同临床特征信息定制样本，以图形和表格相对应的方式显示分析结果。
使用关键词“PCa”、“PC”和“前列腺癌”检索公共数据库，下载基因芯片、高通量测序数据，收集样本量不少于50的数据集。
质量控制，删除冗余样品；采集样本的临床信息共8项，包括：年龄、种族、肿瘤部位、Gleason评分、PSA、临床状态、病理状态和样本类型。
得到66个独立数据集，包括来自GEO的44个数据集、来自TCGA的2个数据集和cBioProtal的20个数据集。还整合了329个KEGG通路和18176个基因本体，以及380639个miRNA-靶相互作用用于基因-miRNA表达关联分析。
数据处理：
数据质控：使用 simpleaffy和affyPLM R包。
标准化，log转换：使用affy R包。
探针：含有多个探针的基因区域保留最大四分位区，舍弃其他区域。
RNA–seq数据：按照每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments（FPKM）片段或每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数（RPKM）进行标准化，然后进行log转换。
使用方法：
输入基因或基因别名，可以组合不同临床特征信息定制样本，以图形和表格相对应的方式显示分析结果。
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返回列表 BackRelated Databases 
Change
- 1 GereDB数据库
- 2 RNA-Seq Atlas数据库
- 3 Kaplan Meier Plotter数据库
- 4 TissGDB
- 5 dbGAP数据库
- 6 IPPC数据库
- 7 GEO数据库
- 8 DBD数据库
- 9 人类lncRNA表达数据库
- 10 TCGA数据库
